Ngày 1 tháng 7 năm 2007, Lâm rời khỏi công tác dân sự khi bà được Đặc khu trưởng Tăng Âm Quyền chỉ định giữ chức Cục trưởng Cuc Phát triển, trở nên một trong những quan chức chính quyền cao cấp. Những ngày đầu tại nhiệm, Lâm tiến hành khảo sát việc tháo dỡ các di tích Bến phà Quảng trường Edinburgh (tiếng Anh: Edinburgh Place Ferry Pier), nơi tàu Star Ferry neo đậu và Cầu cảng Queen để dọn đường cho việc quy hoạch đất đai hiệu quả hơn, việc làm trên đã khơi mào những cuộc biểu tình chiếm đóng của những người muốn bảo tồn.

Tháng 7 năm 2007, bà tham dự diễn đàn công khai được tổ chức tại Cầu cảng Queen trong nỗ lực muốn thuyết phục người biểu tình giải tán và đồng ý khởi sự việc tháo dỡ. Lâm Trịnh Nguyệt Nga kiên quyết lập lại quan điểm của chính quyền rằng việc bảo tồn cầu cảng không nằm trong kế hoạch và bà sẽ "không làm thất vọng người dân".[21] Vụ việc này đã khiến Cục trưởng Cục Chính vụ Hứa Sĩ Nhân khi đó dành lời khen tặng "chiến sỹ kiên cường" cho bà.[22]

Lâm cũng đề xuất Chiến lược Tái thiết Khu đô thị (市區重建策略, Urban Renewal Strategy) mới nhằm hạ thấp mức bán bắt buộc cho việc tái phát triển từ 90% xuống còn 80% trong năm 2010. Các tổ chức nhân quyền chỉ trích chính sách này rằng nó chỉ mang lại lợi ích cho các nhà phát triển bất động sản lớn và vi phạm quyền cư trú đã được ghi nhận tại Tuyên ngôn Quốc tế Nhân quyền và Công ước Quốc tế về các Quyền Kinh tế, Xã hội và Văn hóa khi nỗ lực thương thuyết của các chủ đất nhỏ không được đả động tới.[23]

Năm 2012, Lâm Trịnh Nguyệt Nga lãnh đạo Cục Phát triển trong vụ mạnh tay xử lý những tòa công trình xây dựng không phép mà phần lớn được phát hiện ở làng bản xứ khu vực Tân Giới.[24]

Để ghi nhận các thành tựu của bà trên cương vị Cục trưởng Cục Phát triển, bà được trao tặng các danh hiệu: thành viên danh dự của Viện Kiến trúc Cảnh quan Hồng Kông (Hong Kong Institute of Landscape Architects), hội viên danh dự Viện Kỹ sư Hồng Kông (Hong Kong Institution of Engineers), Property Person of the Year in the RICS Hong Kong Property Awards 2012, thành viên danh dự Viện Kiến trúc sư Hồng Kông (Hong Kong Institute of Architects), honorary member of the Royal Institution of Chartered Surveyors, honorary fellow member of the Hong Kong Institute of Architectural Conservationists, hội viên danh dự của Viện Kỹ thuật xây dựng dân dụng (Institution of Civil Engineers).[20]

Trong kỳ Tuyển cử Đặc khu trưởng Hồng Kông năm 2012, Lâm đã xuống tay dẹp bỏ các công trình xây dựng trái phép của ứng cử viên Đặc khu trưởng Điền Anh Niên đang tranh cử với Lương Chấn Anh. Vụ bê bối này khiến cho ước nguyện trở thành Đặc khu trưởng của Đường tiêu tan. Sau vụ đó, họ Lương bị phát hiện cũng sở hữu nhà xây dựng trái phép. Lâm Trịnh Nguyệt Nga bị chỉ trích đã không đả động tới vụ việc của Lương Chấn Anh.[24]